论文查重软件对自引文献的处理方式是多方面考虑的。首先，论文查重软件会识别自引文献，并根据用户设置的参数进行处理。一般来说，自引文献会被标注出来，但具体的处理方式取决于用户的要求。有些论文查重软件会将自引文献排除在检测范围之外，以确保结果的准确性。而另一些软件则会将自引文献纳入检测范围，但会给予特殊处理，比如降低其权重，以减少对整体相似度的影响。总的来说，论文查重软件会根据用户需求和软件设计来处理自引文献，以确保检测结果的准确性和公正性。

除了标注和特殊处理之外，论文查重软件还可能提供额外的选项供用户选择。比如，用户可以自定义自引文献的处理方式，如排除特定的自引文献或将其视为普通文献进行检测。有些高级的论文查重软件还可能通过分析自引文献的引用关系，自动调整其权重，以更准确地反映论文的原创性。综上所述，论文查重软件对自引文献的处理方式不仅考虑了技术实现，还考虑了用户需求和检测结果的准确性。